综合科：负责处内行政和文秘及办公室日常工作等事务。

自然科学管理科：负责自然科学类科研项目、平台、团队、创新人才的申报、验收及评奖申报等管理服务工作。

社会科学管理科：负责社会科学类各级科研基地、创新人才、高端智库以及各级社科类项目、成果奖的申报等管理服务工作。

科技成果转化科（博士后管理办公室）：负责科技成果转化、横向课题、专利资助等项目及博士后相关管理服务工作。